五轴点胶机和三轴点胶机在结构和功能上存在一些明显区别。五轴点胶机相比三轴点胶机在运动方向上更加灵活，可以在X、Y、Z三个方向上移动，并且还可以绕着两个额外的旋转轴进行旋转，因此在处理复杂曲面或空间较大的工件时具有更大的优势。与此不同，三轴点胶机只能在平面内进行点胶操作，受到运动方向的限制，处理曲面或立体结构工件时存在一定局限性。
五轴点胶机的五轴控制系统更加复杂，需要实现多轴同步运动，因此对于控制系统的要求更高。相比之下，三轴点胶机只需控制X、Y、Z三个轴的运动就可以完成大部分的点胶任务，相对简单直观。这也导致了五轴点胶机通常具有更高的精度和稳定性，适用于对点胶质量要求较高的场合。
五轴点胶机在操作和编程上相对复杂一些，需要更加专业的技术人员进行操作和维护，而三轴点胶机则相对容易上手，一般操作人员也可以快速掌握操作技能。这也意味着五轴点胶机的投资和运行成本可能会更高一些，因为需要投入更多的人力和时间进行维护和培训。
五轴点胶机适用于对点胶精度和复杂度要求较高的场合，能够处理更加复杂的曲面和立体工件，但相应地需要投入更多的成本和人力，适用于一些对质量要求较高的生产环境。而三轴点胶机在处理平面简单工件时表现良好，操作简便，适合对自动化程度要求相对较低的生产场合。