三轴螺丝机在运行过程中，为了确保操作人员以及设备的安全，需要进行一系列的安全保护措施。三轴螺丝机应当配备有安全防护罩，确保操作人员不会触及到运动中的零部件，避免发生意外伤害。同时，安全防护罩也可以防止杂物进入到机器内部，影响设备的正常运行。
三轴螺丝机在设计时应当考虑到紧急停机的功能。一旦发生意外情况，操作人员可以立即通过紧急停机按钮停止设备的运行，以避免进一步的事故发生。紧急停机装置应当设置在操作人员容易到达的位置，并且具有明显的标识，确保在紧急情况下可以迅速生效。
三轴螺丝机还应当配置有过载保护装置。在设备运行过程中，如果发生过载情况，过载保护装置可以及时将设备停机，防止设备因运行超负荷而导致的损坏。过载保护装置的设置可以有效保护设备的正常运行，延长设备的使用寿命。
再者，三轴螺丝机需要配备完善的电气保护系统。电气保护系统可以监测设备的电气部分，一旦发现电气故障，可以迅速切断电源，避免发生火灾等危险情况。电气保护系统还可以对设备进行电气参数监测，确保设备的安全运行。
三轴螺丝机应当配备有防止误操作的安全设施。例如，设备可以设置密码锁或者数字密码输入装置，只有经过授权的人员才能启动设备，防止未经许可的人员操作设备。设备还可以设置工作模式选择装置，避免误操作导致的意外发生。三轴螺丝机在设计和使用过程中，应当充分考虑安全保护措施，确保设备的安全稳定运行。