焊接材料的选择对于双头焊锡机的运行和焊接质量至关重要。最常用的焊接材料之一是焊锡丝，焊锡丝是由焊锡和芯线组成的，通常用于电子元件的焊接。焊锡丝的直径通常为0.5mm至1.6mm不等，可以根据焊接的要求选择合适直径的焊锡丝。
除了焊锡丝之外，还可以选择无铅焊锡丝，无铅焊锡是为了保护环境和人体健康而发展出来的一种焊接材料。无铅焊锡丝在焊接过程中不释放有害物质，对环境友好。无铅焊锡丝也适用于一些特殊的焊接场合，如食品级设备、医疗器械等。
除了焊锡丝和无铅焊锡丝，还可以选择助焊剂作为焊接材料。助焊剂是一种在焊接过程中起到帮助润湿、防止氧化的作用的材料。助焊剂可以提高焊锡与被焊接物件的接触面积，提高焊接的牢固度和导热性能。在一些对焊接质量要求较高的场合，使用助焊剂可以提高焊接的质量。
还可以选择铝焊丝作为焊接材料。铝焊丝主要用于铝及铝合金的焊接，铝焊丝的成分和焊接特性都和普通的焊锡丝有所不同，需要根据具体的焊接要求选择合适的铝焊丝。铝焊丝通常用于一些对铝材焊接要求较高的行业，如航空航天、汽车制造等。
还可以选择不同类型的焊通作为焊接材料。焊通是一种提高焊接质量，减少焊接变形的材料，通过在焊接过程中涂抹在被焊接表面来起到辅助焊接的作用。根据被焊接材料的不同可以选择不同类型的焊通，如钢铁焊通、铝合金焊通等。焊通的选择要根据焊接材料和焊接要求进行合理选择。